En Prey te despertas en una nave espacial llamada Talos que esta en órbita alrededor de la luna en el año 2032, vos sos un experimento que es la esperanza de la humanidad o algo así.... El tema es que todo se va a la mierda cuando aparecen unos extraterrestres destruyendo todo y el destino de la nave como el de la tripulación están en tus manos.